Non, James Lyons-Weiler n'a pas "cassé le code des coronavirus"

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Il y a deux choses que j'ai apprises sur les activistes antivaccins, un aspect de leur mouvement qui est resté et qui reste très cohérent. Le premier est que pour eux c'est toujours, toujours, toujours sur les vaccins. Pour eux, quelle que soit la maladie ou l'état de santé, les vaccins la provoquent ou l'aggravent. Je reconnais depuis longtemps cet aspect des antivaxxeurs. Un exemple récent s'est produit lorsque des antivaxxeurs ont tenté de blâmer la souche vaccinale de la rougeole pour la flambée meurtrière de rougeole au Samoa à la fin de l'année dernière. La seconde est qu'ils sont des théoriciens du complot par excellence. Cette observation ne devrait pas être surprenante étant donné que les vues sur les antivaccins sont fortement ancrées dans les théories du complot, en particulier ce que j'aime appeler la théorie centrale du complot du mouvement antivaccin, à savoir qu '«ils» (le CDC, la grande pharmacie, les médecins, etc.) » savoir "que les vaccins provoquent l'autisme et tous les effets néfastes sur la santé qui leur sont faussement attribués par les antivaxxeurs mais qui couvrent les études et les données montrant que les vaccins sont nocifs et ne fonctionnent pas. Par exemple, en 2005, Robert F. Kennedy, Jr. a promulgué pour la première fois une version de cette théorie du complot «ils le savaient, mais ils la couvrent» avec sa vision de la conférence CDC Simpsonwood. En effet, toute la théorie du complot du «CDC whistleblower» est une variante de «ils savent, mais la dissimulent», comme l'a récemment fait Del Bigtree à la suite d'une cueillette malhonnête de citations du Sommet sur la sécurité des vaccins de l'Organisation mondiale de la Santé il y a quelques mois. Deuxièmement, pour les antivaxxeurs, c'est toujours, toujours, toujours les vaccins. Cela m'amène à l'épidémie de coronavirus.

Sans surprise, chaque fois qu'il y a une épidémie, les antivaxxeurs trouvent un moyen de blâmer les vaccins ou de le transformer en complot de la part des grandes sociétés pharmaceutiques pour forcer de nouveaux vaccins sur une population sans méfiance. Ils l'ont fait lors de la pandémie H1N1 il y a dix ans, et à nouveau lors des épidémies de virus Ebola il y a quelques années. Il n'est donc pas surprenant que cela se produise maintenant qu'il y a une grande épidémie d'une nouvelle souche de coronavirus (2019-nCoV) qui peut provoquer une maladie grave. Les coronavirus sont très courants, et la plupart provoquent des infections des voies respiratoires supérieures relativement bénignes, mais il existe des souches de coronavirus qui causent des maladies graves, telles que le SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère), qui a provoqué une épidémie majeure il y a 18 ans en Asie, et le MERS (milieu East Respiratory Syndrome), qui était encore plus mortel (un taux de mortalité supérieur à 30%), qui a été signalé pour la première fois en Arabie saoudite en 2012. L'épidémie actuelle due à une souche 2019-nCoV nouvellement identifiée a commencé à Wuhan, en Chine et a depuis répandu dans toute la Chine (et au-delà) et tué plus de 800 à ce jour et écoeuré des dizaines de milliers (au moins qui sont connus). Il n'est donc pas surprenant que les théories du complot qui surgissent à propos de l'épidémie de 2019-nCoV soient fortement entachées d'antivaccins.

Jetons un coup d'œil à une telle théorie du complot qui, bien que absurde d'un point de vue scientifique, n'est pas le genre de non-sens que même la plupart des profanes peuvent trouver aussi ridicule, comme la théorie du complot que Bill Gates a créé 2019-nCoV afin de pousser les vaccins ou que le virus est repoussé par des forces obscures afin d'imposer la technologie 5G «nocive» et le rayonnement à une population sans méfiance. La théorie du complot suivante s'appuie sur une interprétation erronée de la science d'une manière qui pourrait sembler très plausible pour le grand public, car elle s'appuie sur l'utilisation abusive des outils de la biologie moléculaire afin de blâmer l'épidémie de 2019-nCoV sur, en substance, une tentative de faire un vaccin contre le coronavirus du SRAS il y a 15 ans.

James Lyons-Weiler: 2019-nCoV était dû à une tentative infructueuse de vaccin contre le coronavirus

Cette théorie du complot a explosé la semaine dernière après avoir été présentée dans l'émission antivaccinale YouTube The HighWire With Del Bigtree qui a été publiée pour la première fois le 31 janvier, suivie par des communiqués de presse lundi dernier qui ont vraiment rendu l'émission virale:

(intégré) https://www.youtube.com/watch?v=hPdGfibyOZ0 (/ intégré)

L’idée de base que je vais aborder plus en détail dans un instant nous vient de la courtoisie de James Lyons-Weiler. Nous l'avons rencontré une fois auparavant sur ce blog, quand il a attaqué une étude qui a révélé que l'autisme est principalement génétique. Bref, c'est un ancien scientifique. (Je dis «ancien» parce qu'il a abandonné la bonne science au profit de la pseudoscience antivaccinale et ne note plus ce titre à mon avis, compte tenu des types de pseudoscience antivaccinale qu'il a publiés récemment.) Malheureusement, cette théorie du complot a explosé au point où Lyons-Weiler se vante d'avoir reçu plus de 200 000 visites uniques sur son site Web au cours de la semaine depuis que Del Bigtree l'a présenté dans son émission.

La théorie du complot commence dans ce billet, On the Origins of the 2019-nCoV Virus, Wuhan, Chine, dans lequel il se donne beaucoup de mal pour vous convaincre que sa théorie du complot est raisonnable en «examinant», en apparence très soigneusement, des explications alternatives car le phénomène est «expliqué» par leur théorie du complot. Ainsi, Lyons-Weiler essaie de faire tomber trois explications alternatives avant d'en venir à la quatrième:

  1. 2019-nCoV est lié aux coronavirus de chauve-souris et non à un virus recombiné.
  2. Le coronavirus 2019-nCoV est un virus recombiné qui a naturellement capté une protéine de pointe semblable au SRAS dans son extrémité N-terminale (extrémité 3 ') du génome viral.
  3. Le coronavirus 2019-nCoV est un virus recombiné fabriqué en laboratoire dans le but de créer une arme biologique.
  4. Le coronavirus 2019-nCoV est un virus recombiné fabriqué en laboratoire dans le but de créer un vaccin.

Bien sûr, la plupart des scientifiques ont déjà rejeté # 1 et considèrent # 2 l'origine la plus probable de la nouvelle souche, comme je l'expliquerai à la fin de cette section. # 3, bien sûr, est une théorie du complot qui surgit à chaque fois qu'une épidémie est causée par un nouveau pathogène dangereux, et cela n'aide pas qu'il y ait soi-disant un biolab de haute sécurité à environ 30 miles de Wuhan, dont la proximité de la ville conduit les théories du complot à s’écrire.

Alors, sur quelle base Lyons-Weiler fonde-t-il son affirmation selon laquelle le 2019-nCoV est un virus recombiné conçu dans le but de créer un vaccin? La version longue est dans le post auquel j'ai lié ci-dessus. Sa version courte est dans ce communiqué de presse:

Le Dr Lyons-Weiler, de l'Institute for Pure and Applied Knowledge, a montré et expliqué comment la séquence génétique du coronavirus – qui a été rendue publique par la Chine – contient un «fragment intermédiaire» unique codant une protéine de pointe du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) qui semble, selon son analyse génomique, avoir été inséré dans le virus 2019-nCoV à l'aide de la technologie «pShuttle». Cette technique ne peut être effectuée qu'en laboratoire, car elle ne s'est jamais produite naturellement dans la nature.

Le Dr Lyons-Weiler étaye son argumentation par les faits suivants:

  • La similitude de séquence du fragment central nCoV avec d'autres séquences du génome du coronavirus est inférieure à ses séquences les plus similaires dans n'importe quel coronavirus que le reste du génome;
  • La similitude de séquence élevée du fragment avec une protéine de pointe du SRAS;
  • La similitude de séquence significative du fragment intermédiaire du génome nCoV 2019 avec un vecteur pShuttle qui était utilisé à la fin des années 1980 en Chine pour créer un coronavirus plus immunogène
  • D'autres scientifiques ont exclu une origine de recombinaison naturelle de 2019-nCoV, mais personne n'a fourni aucune autre explication pour le nouveau fragment du milieu.

«Ce n'est pas une« théorie du complot », c'est une théorie scientifique et médicale», explique Del Bigtree, le producteur lauréat d'un Emmy et fondateur du réseau à but non lucratif Informed Consent Action Network (ICAN). "Sa fondation est basée sur une science, une logique et une recherche solides, et les médias grand public doivent se demander s'ils vont poursuivre ce lien avec le SRAS au lieu d'essayer de censurer quiconque essaie de rechercher la vérité via des faits scientifiques."

Non, c'est une théorie du complot. Lyons-Weiler rejette les possibilités n ° 1 et n ° 2 sans raison valable. En effet, il rejette le # 2 en particulier comme une "hypothèse spéculative" en s'appuyant sur un seul article qui proposait que le 2019-nCoV était le résultat d'un événement de recombinaison entre une souche de coronavirus de chauve-souris (à laquelle le 2019-nCoV ressemble le plus dans son Séquence d'ARN, étant un virus à ARN) et une protéine de pointe semblable au SRAS provenant d'un virus de serpent. Les auteurs ont basé leur conclusion sur leur observation que le biais de codon de l'insert ressemblait le plus à celui des serpents. (Un codon est le «mot» à trois nucléotides qui code pour un acide aminé donné dans la protéine dans laquelle la séquence nucléotidique est traduite dans la cellule. Le code génétique est redondant, ce qui signifie qu'un acide aminé donné est codé par plus d'un codon à trois nucléotides et différentes espèces ont des «biais» différents dans lesquels un codon spécifique est utilisé pour spécifier un acide aminé donné.) Le problème est que le papier n'était pas très bon et a été largement critiqué par les scientifiques comme n'ayant pas examiné une gamme suffisamment large d'espèces pour conclure que l'insert trouvé dans 2019-nCoV présentait un biais de codon pour les serpents. Dans son article d'origine, cependant, Lyons-Weiler a présenté ce document comme s'il était la seule preuve d'un événement de recombinaison entre une souche de coronavirus de chauve-souris et infectant un animal différent.

Ce qui nous amène à l’affirmation de Lyons-Weiler selon laquelle ce virus est dû à une souche vaccinale qui s’est échappée:

Les chercheurs de l'IPAK ont trouvé une similitude de séquence entre une séquence de vecteur de recombinaison pShuttle-SN et INS1378. Voici une vue de l'alignement et du tracé DOT. Voici la séquence nucléotidique de la base de données Nucleotide du NCBI. Voici un brevet pour son utilisation en virologie par recombinaison. Le vecteur pShuttle-SN était parmi les nombreux décrits dans un article de 1998 de Bert Vogelstein et al; voici une entreprise où l'on peut acheter le vecteur pShuttle-SN.

Avant d'aller plus loin, j'ai fait quelques recherches BLAST pour la séquence «INS1378» fournie par Lyons-Weiler. (BLAST signifie Basic Local Alignment Search Tool; c'est un algorithme utilisé pour trouver des similitudes dans les séquences nucléotidiques dans l'ADN et l'ARN. Je l'utilise depuis que je suis un étudiant diplômé dans les années 1990, et il y a un site Web pratique avec l'outil maintenu par le NIH que tout le monde peut utiliser.) Voici le résultat:

Sans surprise, ce sont toutes les séquences liées à l'épidémie du marché de Wuhan, bien qu'il existe un court segment de 361 nucléotides qui ressemble étroitement (78% d'identité) à la séquence des chauves-souris. J'ai décidé d'essayer de le reproduire en alignant la séquence «INS1378» avec la séquence pShuttle-SN à l'aide de l'outil BLAST. Mon analyse a trouvé une séquence de 1 182 nucléotides de long avec 68% d'identité (qui, je vous le dis, n'est pas très élevée, en particulier avec toutes les lacunes). Voici une carte du vecteur pShuttle:

Les biologistes moléculaires noteront que, comme de nombreux vecteurs, pShuttle possède un gène de résistance à la néomycine, permettant la sélection des cellules qui absorbent le vecteur, et des séquences appelées «bras droit» et «bras gauche» plus deux ITR (répétitions terminales inversées ) qui sont utilisés dans les plasmides de transfert utilisés pour insérer des gènes dans des vecteurs d'adénovirus car ils facilitent la recombinaison de l'insert dans l'adénovirus. Fondamentalement, le «bras droit» contient les nucléotides Ad5 (adénovirus 5) 3 534 à 5 790, qui médient la recombinaison homologue avec les vecteurs pAdEasy utilisés pour insérer des gènes dans l'adénovirus à utiliser pour infecter les cellules et fabriquer la protéine d'intérêt. (Pour toi molécpShuttle-SN contre INS1378pShuttle-SN contre INS1378ular biology geeks, voici le document dans lequel la construction de pShuttle a été initialement signalée.)

Voici maintenant l'article dans lequel la construction de pShuttle-SN a été rapportée. C'était en effet une tentative de fabriquer un vaccin contre le coronavirus du SRAS, et, pour vous les geeks de biologie moléculaire, voici comment le vecteur a été construit, en utilisant un insert pour la protéine de pointe du coronavirus du SRAS cloné dans les sites d'enzyme de restriction Xho4 et Kpn1:

Et voici les résultats de mon alignement BLAST:

pShuttle-SN contre INS1378

Il s'agit d'un assez bon alignement, mais certainement loin de prouver que l'origine du 2019-nCoV est la séquence de codage de la protéine de pointe semblable au SRAS insérée dans pShuttle-SN, surtout quand il est presque certainement plus probable que cette séquence ait pu se produire naturellement, étant donné le nombre de coronavirus contenant des séquences de type SRAS. Si cette séquence particulière en 2019-nCoV provenait réellement du vecteur et de la version du gène de la protéine de pointe du SRAS qui a été insérée dans pShuttle pour fabriquer pShuttle-SN, il devrait y avoir de larges bandes de correspondance à 100%, sinon à 100%.

En effet, un véritable expert a souligné sur Twitter que le match devrait être proche de 100% pour toute la séquence:

Je commence à penser que je sais pourquoi Lyons-Weiler ne gère plus de noyau bioinformatique.

Lyons-Weiler ne s'arrête pas là: Immunogénicité et vaccins contre le SRAS

Lyons-Weiler, ne se contentant pas de signaler ses alignements de séquences et ses recherches BLAST peu convaincants, doit trouver d'autres raisons pour justifier sa théorie du complot, c'est pourquoi il pivote directement vers un autre saut de la «logique»:

Les mêmes chercheurs menant des études sur les vaccins contre le SRAS ont mis en garde à plusieurs reprises contre les essais sur l'homme;

«L'une des premières préoccupations concernant l'application d'un vaccin contre le SRAS-CoV a été l'expérience d'autres infections à coronavirus qui ont induit une maladie et une immunopathologie améliorées chez les animaux lorsqu'ils ont été confrontés à un virus infectieux (31), une préoccupation renforcée par le rapport selon lequel les animaux recevant un vaccin contre le SRAS avec adjuvant d'alun et par la suite contesté avec le SRAS-CoV a présenté une réaction pulmonaire immunopathologique rappelant celle décrite pour le virus respiratoire syncytial (RSV) chez les nourrissons et dans les modèles animaux ayant reçu le vaccin RSV et provoqué naturellement (nourrissons) ou artificiellement (animaux) avec RSV (32), ( 33). Nous et d'autres avons décrit une réaction immunopathologique similaire chez des souris vaccinées avec un vaccin contre le SRAS-CoV et ensuite provoquées par le SARS-CoV (18), (20), (21), (28). Il a été proposé que la protéine nucléocapside du SRAS-CoV soit l'antigène auquel la réaction immunopathologique est dirigée (18), (21). Ainsi, le souci de procéder à des humains avec des vaccins candidats contre le SRAS-CoV est ressorti de ces diverses observations. » – Tseng et al.,

La progression de la maladie en 2019-nCoV est cohérente avec celles observées chez les animaux et les humains vaccinés contre le SRAS et ensuite confrontés à une réinfection. Ainsi, l'hypothèse selon laquelle le 2019-nCoV est un type de vaccin expérimental doit être sérieusement envisagée.

Cela n'a même pas de sens. Oui, dans les modèles animaux, les animaux vaccinés avec un vaccin contre le SRAS, puis traités avec le coronavirus du SRAS, ont développé une maladie grave en raison d'une réaction immunitaire excessive au virus amorcé par le vaccin. C'est en effet une raison pour être très prudent en passant aux essais cliniques de vaccins contre le SRAS, le MERS ou le 2019-nCoV. Il est assez étonnant de penser que cette observation suggère fortement que le 2019-nCoV est probablement provenu d'une souche créée pour produire un vaccin contre le coronavirus. Même Lyons-Weiler semble s'en rendre compte, caractérisant l'homologie de séquence (correspondance) entre INS1378 et pShuttle comme faible, mais en ajoutant "mais très significatif" entre parenthèses, en soulignant que les virus à ARN peuvent muter rapidement, ce qui est vrai mais non pertinent pour si cette faible homologie entre l'insert trouvé dans 2019-nCoV et pShuttle signifie que 2019-nCoV provient d'un effort chinois échoué pour fabriquer un vaccin contre le SRAS. Sérieusement. Lyons-Weiler faisait de la génomique pour gagner sa vie avant de se tourner vers la pseudoscience. Certes, à un certain niveau au plus profond, il doit savoir quelle bouillie mince il prépare.

Rien de tout cela ne l'empêche de faire peur à propos de 2019-nCoV:

Les implications sont claires: si la Chine a sensibilisé sa population via un vaccin contre le SRAS, et que cela s'est échappé d'un laboratoire, le reste du monde a une grave urgence humanitaire pour aider la Chine, mais ne peut pas s'attendre à une épidémie aussi grave que ce à quoi on pourrait s'attendre autrement.

Dans le pire des cas, si la souche vaccinale est plus hautement contagieuse et mortelle, le nCoV 2019 pourrait devenir le pire exemple de maladie contagieuse dérivée du vaccin dans l'histoire humaine. Avec une période prodromique aysmptomatique inhabituelle de 5 à 7 jours, les individus revenant de Chine vers d'autres pays doivent être francs et coopératifs dans leur quarantaine de 2 semaines désormais prescrite.

Oui, Lyons-Weiler suggère en fait que les Chinois ont sensibilisé leur population avec un vaccin contre le SRAS (qui, selon lui, a été créé à l'aide de pShuttle-SN) et que la souche vaccinale du virus s'est échappée du laboratoire. Il semble alors se rendre compte que cette possibilité signifierait que cette flambée serait probablement courte et rapidement contenue, car il n'y a aucune preuve que la Chine ait jamais mené un programme de vaccination de masse contre le SRAS, ce qui laisserait très peu d'individus «sensibilisés». Il n'y a, après tout, pas encore de vaccin approuvé contre le SRAS. Il doit donc ajouter un peu sur le «pire scénario» dans lequel 2019-nCoV est plus contagieux et mortel. Le problème est que nous savons déjà qu'il n'est certainement pas plus meurtrier que le MERS (pas même proche, étant donné que le MERS est mortel à 34%) et probablement pas plus mortel que le SRAS. Il sort juste ces spéculations de ses régions inférieures. Quelle que soit l'origine du 2019-nCoV, l'Institut Pasteur a non seulement isolé et séquencé la souche responsable, mais aussi trouvé comment en cultiver de grandes quantités en culture, ouvrant la voie à des études pour déterminer le mécanisme de sa pathogénicité et développer un vaccin.

James Lyons-Weiler reprend sa théorie du complot et court avec elle

Lyons-Weiler est clairement très satisfait de l'attention que sa théorie du complot suscite et du trafic vers son site Web qu'il génère, car depuis ce premier message, il est proche de tous les coronavirus tout le temps sur son blog. Par exemple, dans un article de suivi, spéculant follement sur la base d'une variété d'articles que la protéine de pointe semblable au SRAS ne provenait pas d'un événement de recombinaison naturelle. Dans un passage, il rejette les spéculations des scientifiques sur un événement de recombinaison naturelle dans lequel 2019-nCoV et le SRAS ou un coronavirus de type SRAS partagent un ancêtre commun car il existe des différences génomiques entre 2019-nCoV et la plus récente ancêtre commune de 2019- nCoV, la souche HKU9-1 du coronavirus de chauve-souris, écrivant:

Nous pouvons dire avec certitude que 2019-nCoV a au moins deux ancêtres: l'ascendance du génome entier et l'ascendance de la protéine de pointe du SRAS.

J'écarte l'idée de recombinaison sauvage parce que la sélection naturelle éliminerait probablement les animaux individuels si la recombinaison se produisait dans la nature en raison d'une mortalité élevée. La recombinaison dans la nature est donc purement spéculative.

Oui, mais c'est beaucoup plus plausible que l'extrapolation à la lièvre de Lyons-Weiler à partir d'une faible correspondance d'homologie entre la séquence de protéine de pointe du SRAS dans pShuttle-SN et la séquence de protéine de pointe de type SRAS en 2019-nCoV.

Particulièrement amusant est de savoir comment, dans les commentaires, un vrai scientifique qui a beaucoup travaillé sur les coronavirus, y compris les coronavirus du SRAS, Marc Wathelet, explique à Lyons-Weiler sa mauvaise interprétation des données. J'encourage chacun de vous à lire l'échange. J'adore lire à quel point Lyons-Weiler comprend les coronavirus:

Je suis désolé, je suis un scientifique et j'ai travaillé sur le SRAS-CoV pendant plus de dix ans, vous pouvez me publier si vous n'y croyez pas. J'ai aussi commenté votre autre article, je crains que vous ne compreniez pas les problèmes. Je dois cependant faire un travail terrible pour l'expliquer.

Allez télécharger tous les coronavirus de chauve-souris et alignez leurs séquences de pointes sur celle du SARS-CoV et vous verrez des niveaux d'homologie énormes, donc tous les coronavirus de chauve-souris ont une protéine de pointe semblable au SRAS, c'est très bien établi. Bien sûr, il n'est pas exactement conservé, mais il existe également des variations de pic entre les isolats humains; ce sont des virus à ARN et leurs séquences dérivent constamment comme prévu.

Vous remarquerez qu'avec toutes les critiques et les théories du complot intéressantes, aucun scientifique n'a exprimé sa surprise de trouver une protéine de pointe semblable au SRAS dans un virus comme 2019-nCoV qui appartient à la famille du SRAS, car la surprise serait en effet de NE PAS avoir une protéine de pointe semblable au SRAS dans ce nouveau 2019-nCoV qui est si homologue ailleurs au génome du SARS-CoV!

Exactement. Ce que Lyon-Weiler caractérise comme une bizarrerie si étrange qu'elle doit indiquer la possibilité d'une origine de laboratoire de 2019-nCoV n'a rien d'étrange du tout. Les virologues ne sont absolument pas surpris de cette découverte, car elle n'est absolument pas surprenante pour ceux qui étudient ces virus particuliers.

En réponse à un défi de Lyons-Weiler de «me montrer un exemple de coronavirus de chauve-souris qui a une protéine de pointe semblable au SRAS, autre que celle de l'armée chinoise»:

Encore une fois, je suis confus: j'avais exécuté Blastp avec la séquence de pointes de CZ45, l'autre séquence militaire, et j'ai reçu 43 autres séquences de pointes de coronavirus de chauve-souris, dont une douzaine de la très réputée Université de Hong Kong, toutes avec une très grande homologie. Et bien sûr, tous les isolats humains du SRAS-CoV apparaissent également. Je ne sais pas quoi vous dire, mais pour revenir en arrière et réexécuter, vous êtes des analyses avec la protéine de pointe du 2019-nCoV et l'exploser dans la base de données nr de Genbank et vous devriez obtenir les mêmes résultats que moi.

BLASTP effectue des recherches d'alignement pour les séquences protéiques, plutôt que pour les séquences nucléotidiques, tandis que BLASTN effectue des recherches nucléotidiques.

La critique de vrais scientifiques doit finalement être enregistrée, car dans l'un de ses derniers articles, Lyons-Weiler est réduit à JAQing off, comme il le fait ici:

Avant de regarder les arbres évolutifs, je tiens à souligner que j'ai publié et je répéterai cela étant donné les pertes massives en Chine et la perspective de tels événements dans le monde, en gardant la possibilité d'un ou plusieurs événements de recombinaison sur la table, ou même une origine de laboratoire de nCoV2019 est importante spécifiquement et exclusivement à des fins scientifiques et humanitaires.

Encore une fois, je soupçonne qu'à un certain niveau, même Lyons-Weiler sait qu'il colporte l'équivalent en biologie moléculaire / bioinformatique de l'huile de serpent. Il est également réduit à une nouvelle génération de théorie du complot, basé sur le fait d'être contacté par une personne qui connaissait évidemment un coronavirus de chauve-souris «naturel» isolé en juillet 2013 à l'Institut de virologie de Wuhan, en Chine, qui nous a indiqué une séquence disponible dans la base de données de nucléotides du NCBI, mais qui n'avait été téléchargé qu'en janvier 2020:

Les bizarreries dans le comportement des «mises à jour» des données de séquence méritent un examen plus approfondi. Pourquoi deux publications à comité de lecture, dont une en Chine, mentionnent-elles un fragment intermédiaire qui ne peut pas être aligné? Ces questions nécessitent de la transparence.

Il nie également avoir jamais dit que la similitude qu'il avait trouvée entre la protéine de pointe du SRAS dans pShuttle-SN et dans 2019-nCoV impliquait une origine de laboratoire de 2019-nCoV quand il l'a fait, bien qu'il l'occulte en disant:

Les données ne prennent pas en charge une relation 1: 1 avec pShuttle-SN (tel que publié en 2005) et la protéine de pointe de type SRAS en 2019-nCoV, et je n'ai jamais posé cette relation. J'ai simplement souligné qu'il était similaire à cela, quand personne d'autre ne pouvait faire correspondre le fragment du milieu à quoi que ce soit, mais le pShuttle-SN a également évolué en laboratoire, sans aucun doute, et j'aimerais voir une séquence nouvellement déposée dans le nucléotide du NCBI base de données. D'autres technologies vectorielles ont sans aucun doute été utilisées par d'autres laboratoires mettant la protéine de pointe du SRAS.

Non, il n'a pas revendiqué une relation 1: 1 entre la séquence pShuttle-SN et la protéine de pointe semblable au SRAS de 2019-nCoV (personne ne l'a dit), mais il est sûr implicite que la protéine de pointe semblable au SRAS de la séquence dans pShuttle-SN était à l'origine de la séquence similaire dans 2019-nCoV. De manière amusante, il nie également maintenant avoir jamais conclu qu'une arme biologique, cette théorie du complot préférée qui dressait sa tête laide lors de chaque épidémie majeure d'un nouveau pathogène, n'était pas une possibilité distincte. Je note également que dans l'émission de Del Bigtree, il a explicitement déclaré que ce virus particulier avait une origine de laboratoire (à partir de 26:14 environ). Regardez l'émission si vous ne me croyez pas et que vous pouvez supporter de voir Del Bigtree faire des blovies, des moqueries et des pontificats.

Un pangolin

Le nCoV 2019 a-t-il sauté aux humains via les pangolins sur le marché des fruits de mer de Wuhan?

Malheureusement pour Lyons-Weiler, il semble que le mystère de la façon dont la séquence de pointes semblable au SRAS est entrée dans un coronavirus de chauve-souris pour produire la souche 2019-nCoV pourrait être sur le point d'être résolu. On ne peut jamais savoir avec certitude, mais on peut attribuer des probabilités, et nous voyons la science qui suggère fortement quelques possibilités probables qui n'impliquent pas. Il a été récemment rapporté que le nCoV-2019 partage 96,3% de l'identité globale de la séquence du génome avec le génome du coronavirus RaTG13 des chauves-souris. Si cela est vrai, ce n'est qu'une preuve de plus que le nCoV 2019 est issu d'une souche de coronavirus de chauve-souris naturelle.

Muddling la question encore plus, cependant, est un rapport plus récent, non encore publié dans la littérature biomédicale évaluée par les pairs, qui a été rapporté vendredi dans Nature:

Des chercheurs de Guangzhou, en Chine, ont suggéré que les pangolins – des mammifères à long museau et mangeurs de fourmis souvent utilisés en médecine traditionnelle chinoise – sont la source animale probable de l'épidémie de coronavirus qui a infecté plus de 30000 personnes et fait des ravages dans le monde entier.

Les scientifiques disent que la suggestion, basée sur une analyse génétique, semble plausible – mais avertissent que les travaux des chercheurs doivent encore être publiés dans leur intégralité. «C'est une observation extrêmement intéressante. Bien que nous ayons besoin de voir plus de détails, cela a du sens car il existe maintenant d'autres données indiquant que les pangolins sont porteurs de virus qui sont étroitement liés à 2019-nCoV », explique Edward Holmes, virologue évolutionniste à l'Université de Sydney, en Australie.

L'identité de la source animale du coronavirus, nommée nCoV-2019, a été l'une des questions clés auxquelles les chercheurs se sont efforcés de répondre. Les coronavirus sont connus pour circuler chez les mammifères et les oiseaux, et les scientifiques ont déjà suggéré que le nCoV-2019 provenait à l'origine des chauves-souris, une proposition basée sur la similitude de sa séquence génétique avec celles d'autres coronavirus connus. Mais le virus a probablement été transmis à l'homme par un autre animal.

Cette observation n'a pas encore été publiée dans la littérature biomédicale évaluée par les pairs. Il provient d'un communiqué de presse universitaire de l'Université agricole de Chine du Sud à Guangzhou, qui a annoncé vendredi que deux de ses chercheurs, Shen Yongyi et Xiao Lihua, ont identifié le pangolin comme la source potentielle de nCoV-2019 sur la base d'une comparaison génétique. des coronavirus prélevés sur les animaux et sur les humains infectés lors du foyer et autres constatations. Selon Yongyi et Lihua, les séquences sont similaires à 99%.

Si cette observation s'avère exacte et que l'animal qui a initialement transmis le nCoV 2019 aux humains est vraiment le pangolin, cela implique encore un autre effet néfaste de la médecine traditionnelle chinoise autre que la torture des ours pour leur bile, l'empoisonnement par les métaux lourds dans les herbes et extinction des espèces menacées dont les différentes parties du corps sont utilisées en MTC. Cela implique que la MTC pourrait faciliter l'apparition de nouvelles souches d'agents pathogènes.

Bien sûr, pour diverses raisons, cette observation, même si elle est correcte, pourrait ne pas indiquer que le nCoV 2019 a sauté des espèces de chauve-souris à l'homme via le pangolin. (Je n'ai jamais pensé que je taperais une phrase comme ça.) Cela pourrait être un contaminant, par exemple. De plus, sans connaître la prévalence de cette souche trouvée dans les pangolins, en particulier sur le marché aux poissons de Wuhan, où la flambée est née, il est difficile de conclure avec un certain degré de certitude que les pangolins étaient la source de cette souche.

Ce qui n'est pas difficile à conclure, c'est que Lyon-Weiler en est plein.

Le danger des théories du complot à consonance scientifique

En fin de compte, ce que nous avons ici est un cas classique de «logique» antivacciale appliquée à la science. Faites une observation qui correspond à vos croyances préconçues (par exemple, que la Chine, qui est à l'origine d'une importante nouvelle flambée de coronavirus, a commandé deux fois plus de doses de vaccin contre la grippe pour cette saison par rapport à la saison dernière). Recherchez un phénomène à consonance plausible (interférence virale) pour relier l'observation (plus de vaccination contre la grippe en Chine) à l'émergence de quelque chose d'horrible (2019-nCoV), peu importe à quel point le lien est ténu ou à quel point les preuves sont douteuses pour le phénomène. Courez ensuite avec la théorie du complot. Peu importe à quel point les maillons sont faibles dans votre chaîne de «logique».

Le problème est que cette théorie du complot particulière semblera plausible à ceux qui n'ont pas beaucoup d'expérience en biologie moléculaire, en bioinformatique et en virologie, et il faudra beaucoup d'explications pour l'abattre, si nous pouvons même jamais l'abattre. (Regardez juste combien de temps cet article a fini. J'allais discuter de plusieurs autres théories du complot contre les coronavirus, mais j'ai fini par décider de ne pas le faire parce que cet article était déjà devenu plus que suffisamment long.) Après tout, s'il y a une chose à propos des tropes antivaccins , c'est qu'ils ne meurent jamais. Déjà. Ils ressuscitent toujours. Il en va de même pour les théories du complot antivaccin.

Ces théories du complot mutent également. Lyons-Weiler est déjà en train de faire marche arrière, de remanier et de passer à d'autres sources de laboratoire, telles que des laboratoires de guerre biologique sous la – dirons-nous? – pression sélective de scientifiques lui disant que son hypothèse pShuttle-SN est absurde.